歐洲的入侵者發現這個陌生植物後，想為其命名，之後又努力試著要將它歸入物種分類和當時的健康學說中，無奈這些理論和學說都是由一些早已作古的學者所建立的，而起終其一生未曾聽聞新大陸的存在。然而，新大陸的原住民族後來卻受制於歐洲的入侵者，不得不去接受這些他們幾千年來早已經熟悉的植物和食物，被冠上新的名稱，有了新的詮釋。

除此之外，這個植物的學名：Theobroma cacao，這貼切的展現出新舊兩個世界的衝突，這個學名是由18世紀瑞典科學家林奈 (Carl bon Linne)，於1753年所命名的。目前我們所知道的「雙名法」物種分類系統正是此人的發明，用來取代之前他的前輩使用的冗長難懂的拉丁文命名。雙名法是用兩個拉丁字為物種命名，頭一個自Theobroma為屬名，代表cacao所屬的種類，取自希臘文，意指「諸神的食物」。至於新大陸所使用的名稱cacao，則因為林奈認為它相當原始、是原住民所使用的稱呼，於是拿來沿用作為種名。接下來我們發現，cacao將是我們探索巧克力早期歷史的重要線索。

在美式英語中，這個植物及所有被加工前的相關產品，都習慣被稱為”cacao”，而所有經過加工處理過的可可豆，無論變成液態或固態，則都被稱作”chocolate”。然而在英式英語中，美國人所說的cacao和chocolate則都被通稱為”cocoa”，但對美國人來說，cocoa只的則是1828年由荷蘭人苛添 (Coenraad Van Houten)發明的去脂可可粉。更令人混淆的是，紐約商品市場卻將所有未經加工的種子通稱為cocoa！