可可豆仁中約含50%的可可脂，它不只提供香氣，更創造出巧克力柔滑的口感！可可脂屬於同質多晶性 (相同的分子可能因堆積的方式不同有不同的結晶型態)的脂質，其主要分為r、α、β及β′四種形態，每一種型態的晶型有不同的熱穩定性造成不同融點，r型態融點在16~18˚C，此型態非常不安定，約三秒即轉變成 α 型， α 型的融點在21~24˚C，其也不穩定，在室溫下約一小時即轉變成β′型，而β′型融點在27~29˚C，此型態在室溫下約一個月會轉變成β型，β型的結晶最為安定，也是我們一般最想要得到的型態，其融點約在人體體溫34~36˚C附近，品質好的巧克力會在吃到口中才融化，而不會拿在手上就融化，因此有了一句話：「只融於口，不融於手！」，要如何得到穩定的β型結晶，請參考「可可學－巧克力的製成－調溫操作」。

如此獨特的性質是由於可可脂獨特的脂肪酸組成，其主要含有棕櫚酸 (palmitic acid)23~30%、硬脂酸 (stearic acid)32~37%、油酸 (oleic acid)30~37%、亞油酸 (linoleic acid)2~4%及亞麻酸 (linolenic acid)0~3%。

可可脂中含有醣脂質 (glycolipids)、磷脂質 (phospholipids)及植物固醇 (phytosterols)，而植物固醇由榖固醇 (sitosterol, 50~70%)、豆固醇 (stigmasterol, 20~30%)及菜油甾醇 (camposterol, 5~9%)組成。