發酵是利用大地存在的天然酵母菌以及其他某些細菌產生的，將可可豆及外包果肉挖下放至於底面有孔洞的的發酵箱內，任其自然發酵，其長短與可可品種及季節有關，短者3~4天，長到6~12天，發酵首日果肉變成汁液排掉，溫度上升至45度左右，中途攪拌數次防止溫度過膏，最後完成發酵時溫度約50度，果肉在發酵過程中會產生酒精及二氧化碳，酒精再變成醋酸，種子內的蛋白質被分解成胺基酸，發芽能力喪失，單寧類物質凝固，苦澀味降低，外觀上種子內部顏色產生變化，豆仁會收縮與種皮剝離。